
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应突显蛋白质组学产品,实现1000+深奥度体现位点验出,稳定性高初现经典的靶点,全定位生信探讨解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“发现”到“查证”全程序安全服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、调查过程
02、试验参数
03、经“点”再次出现
在实际数据信息中,检测出几个论文中新闻报道的经曲靶点简述衣康酸突显位点,如首先个被出现的衣康酸共价突显核蛋白酶质KEAP1,有着糖酵解通道中的3个核心酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,及其炎性小体组合核蛋白酶质NLRP3和血细胞萎缩的过程 中的核心核蛋白酶质RIPK3等,其质谱图详细图如图。
04、厂品优缺点
1.众多质控
企业化特喜欢的人电极孵育、SDS-PAGE的检则、WB核验、子样本相关关系研究等多方面位的检则,抓实工程项目结果显示牢靠性。2.高安全性能质谱测试仪器软件平台
在Orbitrap Astral全新这一代高签别质谱仪扶持下,确保衣康过酸表达位点及淀粉酶认定新的深度,力助科学实验探索新得知。3.全流程图一趟式提供服务
因为拜谱生物工程加强的实验性软件,可保证“血细胞培植→测试探针孵育→WB检则→艰深度衣康酸性反应突显检则→专用生信深入分析→某一位点PRM验证通过”全方法服務,省时省劲更好些。05、定性分析的内容(局部)
06、应用软件方法
PART 2、文献资料手机分享
论文一
英文版题头:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
英文版网站标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
设计方式:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
论文资料二
英语翻译大标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文字幕题目:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
学习知识:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案列研究设想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13有着比较强的底物结合在一起特性,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物制品衣康碱化遮盖组测量数据统计中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸修饰语(给出图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱总结ppt
当作TCA巡环中的里边分解物,衣康酸调分解、天然免役和慢性炎症病变范围内的彼此之间用途,为完成治疗方法天然免役慢性炎症病变性慢性病展示了代用完成治疗方法对策。衣康酸架构中的亲电性α,β-不饱和点羧酸架构能对蛋清质含量质上的活性酶半胱氨酸残基完成烷基化绘制(迈克尔增加想法),这类翻泽后绘制被分为“衣康酸绘制(itaconation)”,接着应响蛋清质含量质用途,监测天然免役回话和分解条件,为很多慢性病食用的药物研制展示新指导思想。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化修饰语蛋白质组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学界任何时候一定量靶向治疗分解代谢组(QMT1000)或电量消化吸收靶点消化吸收组车辆对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
对比专著
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.